Review of DNA Seq. Comparison/Alignment Target frequencies and mismatch penalties Eukaryotic gene structure Comparative genomics applications Pipmaker(2 species comparison) Phylogenetic Shadowing(many species) Intro to DNA sequence motifs

What is a genome? 123456789101112 13141516171819202122XY A genome is NoT a bag of proteins

The Language of genomics CDNAS, ESTS. BACS Alus. etc Dideoxy Method Shotgun Sequencing The 'shotgun coverage equation(Poisson) Flavors of blast BLASTIPNXJ, TBLASTINXI Statistics of High Scoring Segments

Outline Distance Matrix Methods Neighbor-Joining Method and Related Neighbor Methods Maximum Likelihood Parsimony Branch and bound Heuristic Seaching Consensus Trees Software(PHYLIP, PAUP)

Outline FASTA, Blast searching, Smith-Waterman Psi-Blast Review of Genomic DNA structure Substitution patterns and mutation rates Synonymous and non-Synonymous substitutions Jukes-Cantor Model Kimura's Two-Parameter Model

Recursion and dynamic programming Applied dynamic programming: global alignments: Needleman-Wunsch Applied dynamic programming: local alignments Smith -Waterman Substitution matrices PAM. blosUM, Gonnet Gaps- linear and affine Alignment statistics

Outline Multiple Sequence AlignmentCarillo-& Lipman, Clustal(W) Position-Specific Scoring Matrices(PSSM) Information content, Shannon entropy Sequence logos Hidden Markov Models Other approaches: Genetic algorithms, expectation maximization, MEME, Gibbs sampler

This lecture: Mount pp 1-7, 29-35, 45-48, Next lecture: Mount pp 8-9, 65-89, 96-115, +more TheProteinDataBank(pdb-http.://ww.pdb.org/)isthesingle worldwide repository for the processing and distribution of 3-D biological macromolecular structure data Berman, H. M, J. Westbrook, Z Feng, G. Gilliland, T N. Bhat

长期以来,各种传统的特殊染色技术、免疫组 织化学、原位杂交等研究方法均建立在常规病理组 织切片基础上,一张玻片上只能载有限的组织做 种测试,仅用于日常临床病理诊断尚可胜任,但要 从事大规模、多样本的科研则费时、费力。自1998 年由 Kononen等叫构建了第一个组织微阵列后,组 织芯片技术得到极大发展,其无疑给病理学研究开 辟了新天地。目前已有大量应用这一技术进行肿瘤 病理学研究的报道,短短数年国内关于运用组 图1b单个组织芯(乳腺浸润性导管癌)HE染色。 织芯片的文章已达126篇之多(截止2004年12 月)9其主要集中于免疫组织化学和原位杂交技 术在组织芯片上对各种不同肿瘤的研究,并充分体 现了该技术高通量( high-throughput)、快速、省时 用途广等优点,同时运用该技术也发现了一些肿瘤 特异性基因产物和与肿瘤生物学行为有关的免疫 标志物。当然在运用该技术时也发现了一些问题

生物化学可以认为是生命的化学,是研究微生物植物、动物及人体等的化学组成和生命 过程中的化学变化的一门科学 生命是发展的,生命起源、生物进化、人类起源等说明生命是在发展,因此,我们对生命化 学的认识也是在发展之中 现代科学是从15世纪下半叶才开始的:那时,资本主义兴起,自然科学冲破了中世纪封 建宗教的束缚而较快地发展起来:而现代生物化学可以从拉瓦锡研究燃烧和呼吸叙述起,那 是18世纪的下半叶,约相当清乾隆年间 法国的著名化学家拉瓦(Attoine-Laurent- Lavoisier,1431794年曾对农业和工 业的发展作出贡献;他还对街道的照明系统付出了聪明才智,从而导致他钻研燃烧现象,并进 一步研究呼吸作用,也就是不发光的燃烧作用